El origen como población de San Javier se remonta al siglo XVII, alrededor de una ermita dedicada a San Francisco Javier, en el cruce de caminos que se juntaban en la costa murciana.
La historia de San Javier hunde sus raíces en tres elementos: la tierra, el mar y el aire.
San Javier es un territorio intermedio entre el mar y el campo, su devenir histórico está ligado al conjunto de la comarca marmenorense, donde los primeros pobladores aparecen ya en el Paleolítico. En los fondos marinos del Mar Menor se da fe de que barcos fenicios, griegos y romanos navegaron por sus aguas y comerciaron en sus costas.
En 1.243, el rey Alfonso X "El Sabio", integra este territorio en la Corona d castilla en virtud del Tratado de alcaraz. Con la reconquista cristiana el campo ribereño marmenorense pasó a depender de lo que ahora es el Ayuntamiento d Murcia y fue repoblado con castellanos, aragoneses y catalanes, cuyos apellidos son el origen de la toponimia de gran parte de los núcleos poblacionales de esta zona.
En el siglo XVII se construye, en el actual núcleo urbano de San Javier, una ermita bajo la advocación de San Francisco Javier, en torno a la que se agruparon los moradores de los caseríos dispersos. San Javier se segregó del municipio de Murcia el 16 de septiembre de 1.836. Además, San Javier está hermanado con el pueblo con el que comparte patrón, Javier de Navarra. Desde 1.985 están unidos por francisco de Javier, al que ambos pueblos tienen gran devoción.
Las principales actividades económicas se centran en el sector servicios, destacando el turismo; sin embargo la agricultura es de gran importancia en las pedanías interiores.
En su término municipal se encuentra la Academia General del Aire, Academia Militar del Ejército del Aire de España y sede de la Patrulla Acrobática Águila y el Aeropuerto de San Javier, con los que comparte las instalaciones, siendo el único aeropuerto público activo en la Región de Murcia, gestionado por AENA. Este aeropuerto ha sido premiado como el mejor aeródromo europeo en la categoría de menos de dos millones de pasajeros.
En el año 2.012 contó con 1.181.782 pasajeros, superando el volumen de otros aeropuertos españoles como los de Asturias, Santander, Reus, Zaragoza o Valladolid.
En esta localidad de San Javier se encuentran una serie de instituciones deportivas, de muchos deportes distintos. San Javier se caracteriza por la cantidad de deportes que se practican, así como el gran número de torneos y campeonatos que aquí se llevan a cabo. El municipio posee un Polideportivo Municipal, con buenas instalaciones deportivas, que son revisadas y renovadas cada año. También al encontrarse al lado del Mar Menor también se practican actividades acuáticas, como piragüismo, vela y kayak, entre otros.
El municipio cuenta con un atleta que participó en los juegos paralímpicos en 2.014. Este deportista es Lorenzo Albaladejo, nacido el 4 de mayo de 1.990. Tiene los récords de España en 100, 200 y 400 metros lisos.
Hay deportes que poseen mucha fama en este municipio, entre ellos tenemos el fútbol, waterpolo, baloncesto, atletismo, natación, boxeo, padel, tiro con arco, natación y rugby, entre otros. De todos estos deportes, hay cinco equipos que destacan sobre los demás, debido a su deporte, desarrollo económico y el apoyo hacia dicho deporte.
La gastronomía del municipio de San Javier se basa en tres ingredientes principales los pescados, las frutas, y las verduras de esta tierra. Huevas de pescado en salazón, pescados a la sal (como el mújol), y los deliciosos langostinos; todo esto combina de manera excelente con una buena ensalada compuesta con alcachofas, lechugas, tomates, pimientos etc de la fabulosa huerta murciana. Destacamos el plato por excelencia de la zona "el Caldero" guiso singular marinero que además contiene un ingrediente especial "las ñoras" (son una especie de pimientos pequeños de color rojo y secos). A la hora del postre este municipio ofrece a los más golosos el famoso pastel de Cierva; una receta que apareció en la costa: Santiago de la Ribera a finales del siglo XIX. Cuenta la leyenda que esta receta fue obra de un jefe de cocina que se encontraba en un buque ruso fondeado en el Mar Menor; la encargó a un pastelero de la localidad y éste a su vez lo sirvió en una comida en la que asistió Juan de la Cierva Peñafiel. El político murciano quedó tan encantado con la receta que el cocinero decidió aportar su apellido a la misma; una costumbre muy común en el mundo de la gastronomía.