El topónimo Benejúzar tiene su origen en la época de la Reconquista Española, ya que aparece en el libro de repartimiento de Orihuela, en el que se le menciona como Beniyucef (alquería de mudéjar de Beniyucef), por lo que se puede deducir que el origen etimológico del nombre proviene del árabe.
A pies de la Sierra de Benejúzar, el término municipal de Benejúzar es atravesado de oeste a este por el río Segura. Benejúzar cuenta con un Paraje natural de bosque mediterráneo repoblado con vegetación autóctona. De este modo, la Sierra con múltiples especies de flora que se encuentran repartidas por toda esta extensión motañosa.
El nombre de Benejúzar, de origen árabe, hace remontar sus orígenes a este período.
Sofocada la rebelión mudéjar de 1.264, por las huestes castellanas, con la ayuda de las aragonesas del infante Don Pedro y del rey Don Jaime I de Aragón, permitieron dejar sin efecto el pacto de 1.243, por lo que Alfonso X el Sabio, hubo de tomar las medidas necesarias, para incorporar Orihuela a la Corona de Castilla. Y una de estas medidas, sería la confirmación, el 15 de julio de 1.266, de su término y jurisdicción, tal como lo había tenido en el periodo almohade: Orihuela, Abanilla, Albatera, Arrabal y Guardamar.

Así las cosas, con más paz que discordias, iniciará el rey castellano la repoblación del solar oriolano. Torres Fontes en su "Repartimiento de Orihuela", transcribe el texto del Códice referido al entonces término oriolano. El referido autor nos informa que en "BENEYUCEF", debió haber una parte que constituye un "donadio", pues en la tercera partición se toman seiscientas tahullas a Pedro Cornell, para repartirlas entre los herederos de esta "quadrella". Sitúa a la "quadrella" de Beneyucef a la izquierda del río Segura y escribe: "parece que no hay duda en cuanto a su identidad con la actual Benejúzar, con un término entonces más reducido."
La organización como núcleo de población hay que situarla en el siglo XIV, cuando unos caballeros de apellido Martí, comenzaron a adquirir haciendas en la localidad, y dieron en titularse herederos de Benejúzar. Desde 1.290 comenzó una marcada tendencia a la creación de este tipo de nuevos señoríos en toda la comarca. La transformación de Benejúzar en un señorío nobiliario sería un punto clave para la evolución histórica de esta comarca.
Durante los siglos XIV y XV existía en Benejúzar una parroquia bajo la advocación de San Bartolomé que incluía lo que hoy es el pueblo de San Bartolomé. La fundación de la nueva parroquia de Nuestra Señora del Rosario data de 1.615 (los libros de partidas de bautismo más antiguos que se conservan son de esa fecha).